除了PCT进入日本以外，申请人在日本提交案件申请的同时即会收到日本的申请号。PCT的话，一般在一个星期之后（根据实际情况有的时候会更长）收到日本的申请号。

而识别号，是申请人在日本的专利局备案的号码。申请人如果在日本提交过申请，都会被赋予一个识别号，以后再提交申请时，如果申请人信息没有变化，申请书上只需填写申请人名称和所被赋予的识别号即可，这样便于识别和管理。但是如果申请人地址等信息变更的话，为了统一识别号，需要在日本办理变更手续。当然即使不办理信息变更手续，对申请人也没有什么影响，只不过这样同一申请人在日本有两个或两个以上的识别号。

简单地说，申请号是针对每一个案件的号码，识别号是针对申请人的一个备案号码。